根據農業部農經發[2007]8號“農業部關于公布第三次監測合格農業產業化國家重點龍頭企業名單的通知”，甘肅省敦煌種業股份有限公司繼2004年監測合格、2005年被評為優秀農業產業化經營國家重點龍頭企業后，2006年再次通過農業部組織的監測，成為農業產業化國家重點龍頭企業合格單位。根據《農業產業化國家重點龍頭企業認定和運行監測管理暫行辦法》，對農業產業化國家重點龍頭企業實行兩年一次的監測評價制度，動態監測合格的國家重點龍頭企業，將繼續享受有關優惠政策。
      這次監測是根據《農業產業化國家重點龍頭企業認定和運行監測管理暫行辦法》的規定，在各?。ㄗ灾螀^、直轄市）初步監測的基礎上，經專家審核，全國農業產業化聯席會議審定，共有541家農業產業化國家重點龍頭企業監測合格。
      敦煌種業是2003年經農業部等國家九部委審核批準為國家產業化國家重點龍頭企業的。近年來，公司圍繞做強做大主營業務，積極擴大產業規模、投資完善加工項目、合資合作、吸納整合優勢資源、組建營銷網絡體系、加大科研開發等方式，促使經營形成種子、棉花、農產品加工三大優勢產業，經營單位由上市前的11家發展到25家，其中種子企業13家，棉花企業7家，農產品加工企業4家，其它1家。公司目前共有員工1351人，其中大專以上510人，核心技術人員326人。 
      截止2006年底，敦煌種業實現主營業務收入8.94億元，比上年增加1.19億元，增長15.33％；實現凈利潤1301萬元?？傎Y產達到16.97億元，資產負債率63%，每股收益0.07元。 目前，敦煌種業玉米、棉花、瓜菜種子的生產經營已穩居西北地區第一位，瓜菜對外制種出口占全國同類種子出口量的10%，棉花購銷量占甘肅棉花總量的40%。公司現為農業部等九部委命名的優秀農業產業化國家重點龍頭企業，國家工商局命名的全國守合同重信用企業，甘肅省認定的省級高新技術企業，公司綜合實力已進入中國種業最前列。  
      主要做法是：  
      1、健全機制建基地，穩步擴大產業規模。公司堅持“公司聯基地，基地聯農戶”，公司根據不同作物種子生產的生態需要確定目標村，以村為單位根據不同品種、組合的要求，每年與村民委員會簽訂產銷合同千余份；各村根據農戶的具體情況和生產面積分戶簽訂產銷合同，每年簽訂量達10萬余份，農戶、基地、鄉村按合同生產，公司按合同收購銷售，把各方關系納入產業化利益共同體中。公司為基地農戶保證提供各類技術和物資服務，保證農戶的每畝收入不低于1300元；農戶保證制種面積產量符合要求，種子質量符合標準，以此為基本條款約束合同各方的經營行為。通過完善管理和建設，公司現已建成6大專業基地，其中以肅州區、金塔縣為中心區的瓜菜制種基地面積達到2萬畝；以肅州區為中心區的蕃茄制品原料生產基地面積達到2萬畝；以酒泉、張掖為中心區的玉米制種基地發展到20萬畝；以瓜州、金塔、敦煌為主的棉種及棉花基地發展到40萬畝，占本地棉花總面積的40%以上；以河南新鄉為中心的強筋小麥種子繁育面積達35萬畝；以武漢為中心的水稻油菜制種基地發展到2萬畝。  
      2、優質服務聯農戶，提升企業帶動力。為了保證基地農戶的利益和公司利益，公司不斷總結完善了為農民提供的產前、前中、產后的系列化、全程化優質服務。公司組織本企業950多名技術人員，管理100多個村的制種生產，常年吃住在村，指導到地塊，承包對基地的產前訂單落實、合同簽訂、親本提供、農膜、化肥供應，產中技術指導、生產管理、質量檢查，產后產品收購、銷售和資金結算；基地村與公司技術人員配合，負責承包對基地的管理、協調、面積落實，負責督促農戶承包制種生產過程中的田間作業管理、收獲和向公司交種等。在制種方面，公司每年拿出3500余萬元，向農戶墊付提供親本款、化肥、農藥、農膜款，代付水費等，畝均達200元以上，解決了農戶由于資金短缺造成的投入不足問題。在棉花產銷方面，公司通過棉花協會、二次結算方式把農民利益與企業聯在一起，解決了農民的后顧之憂。為了不斷提升服務水平和質量，公司在總結以往經驗的基礎上，從2006年起進一步規范完善了為農民提供的系列化、全程化優質服務的內容和形式，把保產量、保質量作為保公司利益和提高農民收入的突破口來抓。進一步完善了產前訂單合同的內容，在基地內全面推行產量、質量目標管理責任制，全面加強和規范了產中技術指導、生產管理、質量檢查和產后產品收購、銷售和資金結算等工作，有效提高了基地管理的水平。通過以上措施為農戶提供服務，促使公司產業總體帶動能力達60萬畝，2006年通過訂單聯結農戶7.27萬戶，戶均從敦煌種業獲益1.048萬元。  
      3、增加投入抓開發，提高企業核心競爭力。公司把研發作為提升核心競爭力、培育新利潤增長點的突破口來抓，采取自主研發與合作開發結合，近年來先后從經營收入中拿出近1億元用于新產品開發和高新技術引進，年平均達3200萬元，已占企業年銷售總收入的5.8%。公司成立了新品種開發中心，開展了小麥、玉米、棉花、油料、瓜類、蔬菜、牧草、花卉等作物品種研發，研發出敦玉2號、敦玉518等一批新品種，選育的加工番茄品種Z00-73、鮮食番茄T-32已于2006年通過酒泉市科技局組織的技術鑒定，研究成果分別達到國內先進和省內先進水平。在國內率先以企業開展航天育種，目前優良變異單株觀察篩選工作已進入第五代，已有部分苗頭材料出現。公司獨立研究完成的《噴霧干燥法生產大顆粒番茄粉技術開發》項目，經甘肅省科技廳鑒定，認定其技術達到國內同類技術先進水平。同時，公司充分利用內地科研院所人才、成果方面的優勢，采取委托育種、合作育種、聯合開發、整體吸納、買斷產權品種、合資合作等形式加大了新品種創新力度，與十多家國內強勢玉米育種單位建立了科研協作關系；并考察新購了一批國家及省級審定玉米的新品種使用權。經過幾年努力，目前敦煌種業已擁有自主知識產權品種36個。  
    4、 抓網絡整合，營銷體系進一步健全。先后在鄭州、西安、成都三大營銷區域分別設立了辦事處，在黃淮海、東北、華北、西南、西北、長江流域建立了6個產品分銷區域網絡，擴大了自有知識產權品種的市場占有率。在棉花營銷網絡建設方面，成立了棉花營銷公司，充實了銷售隊伍，規范了營銷管理，把過去由各分公司通過棉麻公司銷售的方式改為由公司統一銷售，對產品資金進行統一管理。針對鐵路運力異常緊張的問題，公司設立了鐵路發運協調辦公室，加強了與鐵道部、蘭鐵局到各段站的協調溝通，發運產品達10余萬噸，為確保公司產品的適時發運創造了條件。  
      5、擴張兼并抓合作，拓寬經營領域。堅持通過項目帶動，市場化運作的路子，利用自有資金、募集資金和引進合資合作資金，圍繞主營產業發展和健全營銷網絡，采取資本運營手段，先后與國內一批企業、單位、研究院所達成協議，分別就占領資源市場、開發新產品、健全營銷網絡開展了一系列成功的兼并擴張業務，加快了項目建設。止2006年底，分別建成敦煌種業玉米種子加工中心等8個重點項目，其中種子加工廠1個、優質棉花加工廠2個、投資組建控股子公司9家，使公司種子加工能力新增4.5萬噸、棉花加工能力增加3萬噸。2006年7月，公司與美國先鋒海外公司出資800萬美元，組建敦煌種業先鋒良種有限公司，項目總投資將達到2000萬美元。同時新增的以棉蛋白、油脂制品、蕃茄粉、蕃茄醬為主要產品的食品業務，年加工能力達6萬噸。  
      6、完善機構抓治理，不斷提高經營管理水平。公司建立了符合現代企業制度要求的“三會一層”治理結構，設有股東會、董事會、監事會和經理層，現有發起人股東5個，社會公眾股東2.7萬個，董事11人、監事7人、總經理等經營層高管人員7人。公司在管理方面實行總分公司管理體制，按照“一級法人，分級管理，授權經營，統一核算，自負盈虧”模式，對各分支機構的人、財、物和經營業務實行統一管理和授權經營。公司依照法定程序修訂和頒行了涉及公司重大決策、行權程序、授權經營、經營監督、行政、財務、證券、人事、經營業務、投資項目等方面的60多項規章制度，“三會一層”均按股東大會議事規則、董事會議事規則、總經理議事規則和證監會對上市公司關于法人治理結構的有關具體規定，明確了各位高管人員的職責范圍和責任，董事會成立有戰略策劃委員會和考評與薪酬委員會，制定了完整的考評與薪酬管理制度。目前，所有制度已在公司生產經營中得到有效執行，公司整體決策嚴謹，行權規范，監督有效，考核嚴格，績效掛鉤，為產業化經營提供了強有力的體制和機制保障。
    農業部指出：農業產業化國家重點龍頭企業是引導農民發展現代農業的重要帶動力量，在推進一村一品、帶動農民增收、提高我國農業綜合生產能力和農產品國際競爭力等方面負有重要責任。要按黨中央、國務院積極發展現代農業，扎實推進社會主義新農村建設的要求，切實落實扶持農業產業化經營的各項政策，加強對龍頭企業的指導和服務。國家重點龍頭企業要繼續發揮資本、技術、信息和組織優勢，進一步密切與農戶的利益聯結關系，加快技術創新，不斷提高市場競爭力和帶動農戶能力，采取村企聯動、村企對接等多種方式，積極參與社會主義新農村建設。