近年來，敦煌種業董事會、經營層從實際出發，以不斷提升企業市場競爭力和產業帶動能力為核心，堅持實施“東進西出”戰略，占領優勢資源，開辟營銷網絡，加強自主開發，有效提高了公司產業化經營水平。

    1、健全機制建基地，穩步擴大產業化規模。鞏固和發展基地，是公司推進產業化的基礎。在這方面，我們堅持“公司聯基地，基地聯農戶”，公司根據不同作物種子生產的生態需要確定目標村，以村為單位根據不同品種、組合的要求，每年與村民委員會簽訂產銷合同千余份；各村根據農戶的具體情況和生產面積分戶簽訂產銷合同，每年簽訂量達10萬余份，農戶、基地、鄉村按合同生產，公司按合同收購銷售，把各方關系納入產業化利益共同體中。公司為基地農戶保證提供各類技術和物資服務，保證農戶的每畝收入不低于1300元；農戶保證制種面積產量符合要求，種子質量符合標準，以此為基本條款約束合同各方的經營行為。通過完善的合同管理和建設，公司已建成5大專業基地，其中以肅州區、金塔縣為中心區的瓜菜制種基地面積發展到2萬畝；以酒泉、張掖為中心區的玉米制種基地發展到20萬畝；以安西、金塔、敦煌為主的棉種及棉花基地發展到40萬畝，占本地棉花總面積的40%以上；以河南新鄉為中心的強筋小麥種子繁育面積達36萬畝；以武漢為中心的水稻油菜制種基地發展到2萬畝。專業化基地的建立與鞏固，促使敦煌種業制種基地穩步發展。

    2、優質服務聯農戶，提升龍頭企業帶動力。為了保證基地農戶的利益和公司利益，公司不斷總結完善了為農民提供的產前、前中、產后的系列化、全程化優質服務。公司組織本企業技術人員管理制種生產，常年吃住在村，指導到地塊，承包對基地的產前訂單落實、合同簽訂、親本提供、農膜、化肥供應，產中技術指導、生產管理、質量檢查，產后產品收購、銷售和資金結算；基地村與公司技術人員配合，負責承包對基地的管理、協調、面積落實，負責督促農戶承包制種生產過程中的田間作業管理、收獲和向公司交種等。在產前投入問題上，公司每年拿出資金，向農戶墊付提供親本款、化肥、農藥、農膜款，代付水費等，畝均達200元以上，解決了農戶由于資金短缺造成的投入不足問題。在棉花產銷方面，公司通過棉花協會、二次結算方式把農民利益與企業聯在一起，解決了農民的后顧之憂。公司通過以上措施為農戶提供服務，帶動種子、棉花兩大產業80萬畝，聯結農戶10余萬戶，僅去年敦煌種業向農戶支付的種子、棉花款就達10多億元，戶均達1萬元。

    3、增加投入抓開發，提高產業化經營的核心競爭力。公司把研發作為提升產業化經營核心競爭力、培育新利潤增長點的突破口來抓。公司成立了新品種開發中心，并在主要各分公司組織了一批技術小組、研發骨干，開展了小麥、玉米、棉花、油料、瓜類、蔬菜、牧草、花卉等作物品種研發，研發出敦玉2號、敦玉518等一批新品種。同時，充分利用內地科研院所人才、成果方面的優勢，采取委托育種、合作育種、聯合開發、整體吸納、買斷產權品種、合資合作等形式加大了新品種創新力度，與國內多家種子科研機構、院校達成合資合作協議，首次在神舟4號飛船上搭載種子試驗，成為國內第一家以企業從事航天育種的單位。經過不斷努力，目前敦煌種業已擁有玉米品種20個，強筋小麥品種4個，水稻品種4個，油菜品種2個，購買專利技術2項。

    4、深化改革抓重組，做大做強產業龍頭。1998年，原酒泉地委、行署為了推進農業產業化經營，把本區具有較強優勢的制種和棉花產業做強做大，以劃撥方式把與制種產業相關的地區和五個縣市種子公司整合，組建了酒泉地區現代農業（控股集團）有限責任公司。又以現代公司牽頭，聯合金塔、安西、敦煌三家供銷社，把與棉花產業相關的各家棉花公司以入股方式整體投入，組建了敦煌種業股份有限公司。為了使敦煌種業在起步之初就具備農業產業開發能力，又把原地區農科所也作為股東，把部分科研設施和科研用地評估做為股本投入到了敦煌種業。在敦煌種業組建中，通過整合酒泉境內的種子、棉花企業和農業科研機構，把全市兩大產業以企業和股本為紐帶做到了各種資源優勢的有效結合。公司設立后，按照人、財、物“三集中”，機構、資產、人員、財務、業務“五統一”的總要求，先后進行了所有進入企業的資產、債權債務、人員、組織關系等方面的全面移交、整合、手續變更和規范運行等一系列工作。經過幾年努力，公司總股本已達18596.64萬股，共有員工1355人。通過重組改革，敦煌種業集合了小龍頭，形成了大龍頭，成為集優勢企業、優勢產業、優勢技術和優勢資源于一體的新型農業企業，為提升農業產業化的整體水平奠定了基礎。

    5、擴張兼并抓合作，拓寬產業化經營領域。圍繞主營產業發展和健全營銷網絡，公司采取資本運營手段，先后與國內一批企業、單位、研究院所達成協議，分別就占領資源市場、開發新產品、健全營銷網絡開展了一系列成功的兼并擴張業務。公司先后與河南新鄉農科院、定西旱農中心、河北金田種業等單位和個人合資合作成立了河南敦煌種業新科種子有限公司、河北敦煌種業有限公司、武漢敦煌種業有限公司等一批控股子公司，吸納了對方的科研骨干、技術成果，開展了以小麥、玉米、水稻等新品種為重點的業務，取得了良好業績。2005年7月，公司與美國先鋒海外公司正式簽署了合資意向書，出資800萬美元，組建先鋒敦煌種業（甘肅）有限公司，項目總投資將達到2000萬美元。目前公司已獲得行業管理部門批準，工商注冊即將完成，可望在年內投入經營。所有這些，都為公司不斷拓展農業產業化領域，延伸產業鏈條創造了條件。

    6、完善治理抓管理，提高產業化經營指導水平。公司建立了符合現代企業制度和產業化經營要求的“三會一層”治理結構，設有股東會、董事會、監事會和經理層，現有發起人股東5個，社會公眾股東3.3萬個，董事12人、監事7人、總經理等經營層高管人員7人。公司在管理方面實行總分公司管理體制，按照“一級法人，分級管理，授權經營，統一核算，自負盈虧”模式，對各分支機構的人、財、物和經營業務實行統一管理和授權經營。公司依照法定程序修訂和頒行了涉及公司重大決策、行權程序、授權經營、經營監督、行政、財務、證券、人事、經營業務、投資項目等方面的60多項規章制度，“三會一層”均按股東大會議事規則、董事會議事規則、總經理議事規則和證監會對上市公司關于法人治理結構的有關具體規定，明確了各位高管人員的職責范圍和責任，董事會成立有戰略策劃委員會和考評與薪酬委員會，制定了完整的考評與薪酬管理制度。目前，所有制度已在公司生產經營中得到有效執行，公司整體決策嚴謹，行權規范，監督有效，考核嚴格，績效掛鉤，為公司產業化經營提供了強有力的制度保障。

     7、發行上市募資金，不斷延伸產業鏈。本公司7500萬A股于2003年12月29日正式發行，2004年1月15日在上海證券交易所發行上市，共募集資金4.07億元。所募資金主要圍繞公司種子、棉花兩大主導產業的未來發展，著重擴大現有產業規模、延長產業鏈和提升核心競爭力。公司先后建成敦煌種業種子加工中心一座，占地670畝，新裝成套種子加工線5條，可完成種子脫粒、烘干、精選、分級、包衣和包裝的全過程生產，年新增加工能力4.5萬噸、倉儲能力1.5萬噸，為國內目前最大的種子加工中心。在安西、金塔分別建成2座萬噸優質棉種加工項目，主要設備采用目前國內一流的168大型智能化軋花和400型打包設備，新增皮棉加工能力2萬噸、棉籽加工3.2萬噸、短絨2000噸，使公司皮棉質量比原有產品提高1.5個等級。同時，于近年投資建成年5萬噸的棉蛋白油脂公司；年產3000噸番茄粉的果蔬制品公司；河西地區最大的塑料包裝制品公司，這些項目也均已建成投產并開始見效。公司還儲備了一批技術含量高、產業鏈條長、市場競爭力強的后續項目，為公司今后的發展拓展了新的利潤空間。

    截止2005年底，公司總資產130231萬元，凈資產56510萬元；實現主營業務收入77486萬元，主營業務利潤9769萬元。2006年上半年，公司實現銷售收入38395萬元，主營業務利潤9227萬元，凈利潤1426萬元。2000年以來，公司累計上繳各類稅金8756.4萬元，年均納稅1459萬元，其中所得稅4981.3萬元，增值稅2252.9萬元，其它稅1522.2萬元。公司目前每股凈資產3.12元，每股收益0.0767元。在經營業務方面，2005年公司各類農作物繁種面積達到32萬畝，比設立之初的1998年擴大6.4倍，生產經營各類種子1. 26億公斤，比1998年的1500萬公斤增長7.4倍。收購加工皮棉46萬擔。目前，敦煌種業玉米、棉花、瓜菜的生產經營已居甘肅省第一位，瓜菜對外制種出口占全國同類種子出口量的10%，棉花購銷量占甘肅棉花總量的40%。公司于2004年被國家工商局命名為全國守合同重信用企業，于2005年被農業部等九部委命名為優秀農業產業化國家重點龍頭企業，甘肅省認定為省級高新技術企業。